أثارت صور تم تداولها على مواقع التواصل الاجتماعي في مصر جدلا وانتقادات حادة حول ترميم مسجد السيدة نفيسة، بسبب ما يشاع عن طمس هوية المسجد.
تم نفي رئيس قطاع الآثار الإسلامية والقبطية واليهودية في مصر، أبوبكر عبد الله، للأخبار حول صدور قرار بتشكيل لجنة تضم خبراء الآثار والمؤرخين، وعاملين بقطاع الآثار الإسلامية، لتحقيق في ما إذا كان هناك طمس وتشويه للمعالم التاريخية للمسجد بعد الترميم.